Kho lưu trữ mô người & phân tích mô

Kho lưu trữ Mô người và Nguồn chia sẻ Phân tích Mô (HTR-TASR) do Trung tâm Ung thư và Khoa Bệnh học đồng tài trợ. Họ đã được thiết lập để tạo điều kiện thuận lợi cho nghiên cứu chuyển dịch của các giảng viên trong Trung tâm Ung thư, Khoa Bệnh lý, Trường Y khoa và khắp các Viện. Trang web này mô tả các dịch vụ được cung cấp và chi tiết liên hệ của các nhân viên HTR-TASR, những người có thể tư vấn về tình trạng sẵn có của mẫu bệnh phẩm và tất cả các khía cạnh của mô học và bệnh học phân tử.

Mục đích

Để tạo điều kiện thuận lợi cho việc thu thập, lưu trữ và phân phối các mẫu mô người chất lượng cao cho các nhà nghiên cứu UNM để sử dụng trong các cuộc điều tra khoa học đồng thời tuân thủ các nguyên tắc và quy định phù hợp về đạo đức, khoa học và lập pháp.

Chúng tôi sử dụng Thực tiễn tốt nhất của NCI về Tài nguyên mẫu vật sinh học như hướng dẫn của chúng tôi.

Về HTR-Mô

Tài nguyên được chia sẻ HTR-Mô:

  • Mang lại lợi ích cho bệnh nhân trong tương lai bằng cách cho phép các nhà nghiên cứu tiếp cận với các mô được bảo quản và duy trì tốt mà có thể không có sẵn
  • Mang lại lợi ích cho UNM HSC bằng cách tăng cường sứ mệnh cung cấp dịch vụ chăm sóc bệnh nhân chất lượng thông qua thúc đẩy nghiên cứu sáng tạo và có giá trị lâm sàng
  • Chức năng môi giới trung thực của HTR trong việc phân phối các mẫu vật đã được xác định không có 18 mã định danh cá nhân HIPAA bảo vệ các nhà nghiên cứu khỏi các biến chứng / vi phạm HIPAA tiềm ẩn

TASR cung cấp nhiều loại dịch vụ mô học, bao gồm xử lý và nhúng parafin, cắt paraffin và đông lạnh, nhuộm H&E, nhuộm IHC, xây dựng TMA, số hóa slide và phân tích hình ảnh.

Tóm tắt về Dịch vụ HTR-TASR cho Đơn xin tài trợ

Nguồn chia sẻ của Kho lưu trữ Mô người và Phân tích Mô (HTR-TASR) có khả năng thực hiện một số kỹ thuật và cung cấp nhiều loại dịch vụ với một khoản phí trên cơ sở dịch vụ.

HTR-TASR thu thập các mô bình thường và mô phù hợp chủ yếu từ các mẫu phẫu thuật bị loại bỏ còn sót lại và lưu trữ chúng ở dạng đông lạnh hoặc dưới dạng các khối nhúng parafin cố định bằng formalin (FFPE). Các nhà điều tra có thể yêu cầu các mô, với sự chấp thuận của IRB (Văn phòng Bảo vệ Nghiên cứu Con người) và Ủy ban Giám sát Nghiên cứu Mô (TROC, trước đây là SRC).

HTR-TASR cũng có thể cung cấp một số dịch vụ mô học và phân tử khác nhau, chẳng hạn như phân đoạn và nhuộm H&E, hóa mô miễn dịch và miễn dịch huỳnh quang bằng cách sử dụng Nền tảng Ventana Discovery Ultra, tạo ra các Vi mô (TMAs) tùy chỉnh, số hóa slide (trường sáng và huỳnh quang) thông qua Aperio Versa 200, và phân tích hình ảnh bằng Nền tảng HALO ™ (của Indica Labs, trụ sở chính tại Albuquerque, NM).

Có nhiều kiểu xử lý máu khác nhau, bao gồm cả hiệu suất đếm tế bào và khả năng sống sót thông qua Nexelom Cellometer 1000.

Một số nhà điều tra yêu cầu các mẫu vật được chuẩn bị đặc biệt hoặc có các yêu cầu về mẫu vật cụ thể. Đối với những nghiên cứu đã được phê duyệt này, nhân viên HTR sẽ thu thập một cách tiềm năng các mẫu vật và xử lý phù hợp với nhu cầu của các nhà nghiên cứu. Ngoài ra, một số dịch vụ phân tử có sẵn, chẳng hạn như tách chiết DNA và RNA, PCR và PCR thời gian thực. Một cuộc họp khả thi nên được thiết lập với Giám đốc kỹ thuật và Giám đốc vận hành để thảo luận về các dịch vụ mong muốn.

Để xác nhận việc sử dụng tài nguyên được chia sẻ này, vui lòng đưa nội dung sau vào các ấn phẩm của bạn:

Nghiên cứu này được hỗ trợ một phần bởi Tổ chức Hỗ trợ Trung tâm Ung thư Toàn diện UNM NCI P30CA118100 và sử dụng Nguồn tài nguyên Chia sẻ Phân tích Mô và Mô người, nhận được sự hỗ trợ thêm từ Khoa Bệnh học của Trường Đại học Y New Mexico.

Liên hệ với HTR-Tissue

Điện thoại: (505) 272-1127
Email: môbank@salud.unm.edu
Phòng Fitz Hall 306B và 306C
Trường Y UNM HSC
Khoa bệnh lý
MSC 08-4640
915 Camino de Salud, ĐB
Albuquerque, NM 87131

Nhân sự HTR-TA

Dennis McCance, Tiến sĩTiến sĩ Dennis J McCance

Giáo sư nghiên cứu, Bệnh học

Giám đốc khoa học

Giám sát tất cả các khía cạnh của Tài nguyên

Edgar Fischer, MDBác sĩ Edgar Fischer

Giáo sư, Bệnh học

Giám đốc Y khoa

Giám sát các khía cạnh kiểm soát chất lượng của Tài nguyên

Cathleen Martinez, Giám đốc điều hànhCathleen Martinez PA

Giám đốc kỹ thuật

Giám sát các khía cạnh kỹ thuật của Tài nguyên

Fred Schultz, MAFred Schultz, MA

Quản lý tin học

Dịch vụ Mô học và Bệnh học Phân tử

Xử lý mô và nhúng parafin và cắt parafin, cũng như đông lạnh nhanh mô và cắt đông lạnh. Nhuộm H&E trên phần paraffin và phần đông lạnh.

Phòng thí nghiệm có thể nhuộm các phần mô bằng các kháng thể tiêu chuẩn bằng cách sử dụng các quy trình đã có sẵn. Ngoài ra, phòng thí nghiệm có thể tạo ra các kháng thể bằng cách sử dụng nền tảng VENTANA DISCOVERY cho phép kết hợp nhiều phương pháp nhuộm để tối ưu hóa kết quả nhuộm.

Hình ảnh HER-2 và ER
Nhuộm kép cho HER-2 và ER
HTR Microarrays mô - e-cadherin

Thiết kế và xây dựng microarray mô: Điều này đòi hỏi phải thu thập các khối parafin của nhà tài trợ, chọn các khu vực quan tâm đến lõi và đặt các lõi vào một khối parafin của người nhận trống. Ưu điểm là về tốc độ và chi phí, vì nhiều mẫu có thể được đánh giá trên một slide. TMA điển hình chứa khoảng 50 đến 200 lõi có đường kính 0.6 mm-2.0 mm. Khoảng 50 phần có thể được lấy từ một khối TMA.

 

(Ở bên phải: E-cadherin)

Nhân viên HTR-TASR có thể lấy các khối mô lưu trữ từ Bệnh viện UNM.

Điều này thường bao gồm việc thu thập các mô thừa hoặc còn sót lại tại thời điểm phẫu thuật cắt bỏ sau khi các mẫu chẩn đoán đã được lấy để xem xét bằng kính hiển vi giải phẫu bệnh và đủ số lượng mẫu vật được giữ lại trong parafin để làm xét nghiệm tiềm năng trong tương lai cho việc chăm sóc bệnh nhân. Nhân viên HTR-TASR sẽ thu thập các mô trong Phòng mổ Tổng quát của Bệnh học Phẫu thuật UNM HSC. Hiện tại, HTR không thực hiện chụp ảnh tĩnh nhưng sẽ lưu trữ các mẫu vật như vậy theo yêu cầu của các nhà nghiên cứu.

Các nhà tư vấn của dự án HTR-TASR có thể thu thập dữ liệu bệnh lý và lâm sàng bị loại bỏ khỏi các định danh HIPAA trong khi được mã hóa thành các mẫu phù hợp.

Phân tích hình ảnh

Hình ảnh của H&E hoặc các phần mô nhuộm hóa mô miễn dịch được chụp trên máy quét kỹ thuật số Leica AT2 và tải lên phần mềm chú thích và hình ảnh HALO.

Phần mềm HALO cho phép bạn chú thích mô (khối u, mô đệm, cơ, mỡ, v.v.) và sau đó đếm các tế bào dương tính với protein được lựa chọn (Hình, bên phải) trong mỗi vùng được chú thích này. Nó cũng sẽ cho phép bạn phân tích và định lượng các tương tác hàng xóm gần nhất.

Phần mềm bao gồm một công cụ tạo hình có thể tạo ra các bức ảnh đa bảng của hình ảnh ở các định dạng có thể xuất bản bao gồm khung tham chiếu và thanh tỷ lệ

Hình ảnh kết quả định lượng

Hình này cho thấy định lượng nhuộm Ki67 trong ung thư vú. Bảng trên cùng bên trái hiển thị mẫu microarray mô, bảng giữa hiển thị màu nhuộm Ki67 (màu nâu) không có đánh dấu HALO và bảng bên phải hiển thị hình ảnh tương tự với đánh dấu HALO.

Đánh dấu cho thấy khả năng nhuộm màu ở mức độ thấp (màu vàng), mức độ nhuộm màu vừa phải (màu nâu) và mức độ cao (màu đỏ) của Ki67 trong nhân tế bào khối u. Nhuộm màu xanh lam là các tế bào âm tính với Ki67. Phần mềm có thể đếm độc lập việc nhuộm Ki67 trong lỗ thoát của khối u.

Bảng hiển thị số lượng và tỷ lệ phần trăm ô trong mỗi loại nhuộm màu và biểu đồ cho thấy sự phân bố của màu nhuộm.

Làm thế nào để xin mẫu vật

Liên hệ Cathy Martinez or Sadie La Bauve lên lịch.

Mở tài khoản của bạn trong iLab:

  1. Điều hướng đến trang đăng nhập iLabs.
  2. Ở góc trên bên phải của màn hình, hãy chọn đăng ký
  3. Hoàn thành mẫu đăng ký trên trang đăng ký.
  4. Nhận email chào mừng từ iLab với thông tin đăng nhập và hướng dẫn

Yêu cầu Dịch vụ trong iLab:

  1. Thiết lập Yêu cầu Mua hàng (PR) thông qua bộ phận của bạn. Gửi bài PR tới Mary Sherman yêu cầu nó được thêm vào trong phòng thí nghiệm của bạn trong hệ thống iLab.
  2. Tới đăng nhập iLabs .
  3. Ở góc trên bên phải của trang này, hãy nhập tên người dùng và mật khẩu của bạn.
  4. Trong tab “Yêu cầu Dịch vụ”, hãy nhấp vào “Bắt đầu Yêu cầu” bên cạnh dịch vụ quan tâm (Kho lưu trữ Mô người so với Dịch vụ Bệnh học Phân tử).
  5. Hoàn thành biểu mẫu và cung cấp thông tin thanh toán cho yêu cầu của bạn trước khi gửi yêu cầu đến HTR.
    1. Đảm bảo số Tiêu đề dự án và số TROC / HRRC / IACUC khớp với số trên thư chấp thuận của bạn.
    2. Trong mỗi danh mục dịch vụ, hãy nhập số lượng mong muốn và nhấp vào tab “Thêm dịch vụ đã chọn”. Các dịch vụ sẽ được thêm vào cuối biểu mẫu.
    3. Sử dụng hộp “Thông tin bổ sung” để thêm bất kỳ chi tiết quan trọng nào và đính kèm / tải lên bất kỳ tài liệu liên quan nào, chẳng hạn như danh sách mẫu vật hoặc mô tả hướng.
  6. Yêu cầu sẽ được HTR xem xét, điều này sẽ thực hiện bất kỳ thay đổi cần thiết nào và gửi lại để bạn phê duyệt. Bạn sẽ nhận được một email từ iLab về yêu cầu dự án cập nhật của bạn.
  1. Gửi đề xuất của bạn tới Ủy ban đánh giá khoa học (SRC). Liên hệ với Cassandra Misenar để được hướng dẫn trong quá trình này.
  2. Sau khi SRC phê duyệt đề xuất của bạn, hãy gửi thư chấp thuận cùng với đơn đăng ký của bạn tới UNM Ủy ban Đánh giá Nghiên cứu Con người (HRRC) Ban Đánh giá Thể chế (IRB).

Để điều hướng quy trình đăng ký IRB:

  1. Trên liên kết trên, nhấp vào nút "Nhấp vào IRB" ở bên trái
  2. Nhấp vào tab IRB ở đầu màn hình
  3. Nhấp vào nút “Tạo nghiên cứu mới” ở bên trái
  4. Điền vào mẫu
  5. Ở câu hỏi số 7, nhấp vào liên kết để đến thư viện và chọn giao thức thích hợp cho việc học của bạn
    1. Nếu nghiên cứu của bạn chỉ yêu cầu các tài liệu đã được xác định danh tính, hãy chọn Giao thức Loại 4 Miễn (HRP-582). * Lưu ý: Các mô loại bỏ đã được xác định danh tính có thể không cần sự đồng ý
    2. Nếu nghiên cứu của bạn không yêu cầu thu thập bất kỳ thông tin nào về các cá thể sống, hãy chọn Nghiên cứu Đối tượng Không phải Con người (HRP-585)
    3. Bạn có thể nộp hồ sơ nhanh nếu nghiên cứu của bạn chỉ liên quan đến các mẫu vật được thu thập chỉ cho các mục đích phi nghiên cứu (chẳng hạn như điều trị và chẩn đoán y tế)
  6. Sau khi HRRC phê duyệt, hãy gửi một yêu cầu mô đến HTR thông qua iLab. Bạn sẽ tải lên các thư chấp thuận SRC và IRB của mình và có một PR đang hoạt động trong hệ thống.
  1. Liên hệ với HTR-TASR để biết một phiên lập kế hoạch / tính khả thi.
  2. Gửi đề xuất của bạn tới Ủy ban đánh giá khoa học (SRC). Liên hệ với Cassandra Misenar để được hướng dẫn về quy trình này.
  3. Sau khi SRC đã phê duyệt đề xuất của bạn, hãy gửi thư chấp thuận cùng với đơn đăng ký của bạn tới Ủy ban Đánh giá Thể chế (IRB) của Ủy ban Đánh giá Nghiên cứu Con người (HRRC) của UNM (xem hướng dẫn ở trên).
  4. Liên hệ với HTR-TASR để có một buổi lập kế hoạch bổ sung (thường được yêu cầu để làm rõ chi tiết của quy trình. Cuộc họp này bao gồm việc xin sự chấp thuận của Giám đốc Bộ phận Bệnh lý Phẫu thuật để đảm bảo có sẵn các mẫu bệnh phẩm trong khi vẫn tuân thủ các quy định phòng thí nghiệm quốc gia và chăm sóc bệnh nhân tốt nhất.
  5. Nếu bạn vẫn còn mô sau khi kết thúc điều tra, bạn phải trả lại cho HTR
  1. Bạn phải được sự chấp thuận của Ủy ban Đánh giá Nghiên cứu Con người tại địa phương nếu bất kỳ phần nào của mô thu thập được có thể được sử dụng cho nghiên cứu.
  2. Trưởng Bộ phận Bệnh lý Phẫu thuật hoặc người được chỉ định của họ phải phê duyệt phương pháp thu thập mẫu để đảm bảo rằng có đủ mô đại diện được giữ lại để chăm sóc lâm sàng

Hàng tồn kho

Trang web của mô được thu thập

(Bao gồm mô lưu trữ từ UNM và bộ sưu tập tiềm năng cho các nhà điều tra cho các nghiên cứu cụ thể.)

  • Bàng quang, Máu, Xương, Tuỷ xương, Não, Vú
  • Thành ngực, Đại trực tràng
  • Cơ hoành
  • Túi mật
  • Đầu và cổ
  • Thận
  • Gan, phổi, hạch bạch huyết
  • Trung thất
  • Omentum, Buồng trứng
  • Tuyến tụy, Dương vật, Phúc mạc, Tuyến tiền liệt
  • Nước bọt, Tuyến nước bọt, Da, Ruột nhỏ, Mô mềm, Lá lách, Dạ dày
  • Tinh hoàn, tuyến ức, tuyến giáp
  • Tử cung và cổ tử cung
  • Âm đạo / Âm hộ

Cơ quan đăng ký ung thư vú mở rộng (EBCR)

Đây là một bộ sưu tập mô phức tạp bao gồm hơn 400 bệnh nhân đồng ý với nhiều mốc thời gian và loại mô được thu thập. Những điều sau đây được thu thập trên mỗi bệnh nhân:

  • 5 chỉ số huyết thanh tối đa / người tham gia / bộ sưu tập (như Baseline hoặc FUP time)
  • 10 phân số huyết tương tối đa / người tham gia / bộ sưu tập
  • 10 mẫu DNA từ máu toàn phần / người tham gia / bộ sưu tập
  • 2 phân số DNA tối đa từ nước súc miệng hoặc tăm bông / người tham gia / bộ sưu tập
  • mô vú (hút kim nhỏ, lọ và khuôn OCT) - tất cả các trường hợp đều khác nhau.

Vui lòng liên hệ với HTR-TASR để có truy vấn chi tiết hơn về tập dữ liệu này.