Genomics phân tích & tịnh tiến

Tất cả các nhà nghiên cứu tại Đại học New Mexico (UNM) và các cơ sở liên quan đều có thể truy cập ATG. Tuy nhiên, bạn cần trích dẫn mã P30CA118100 và đề cập đến ATG, cùng với các nguồn tài nguyên chung khác của UNMCCC đã được sử dụng để tạo ra dữ liệu.

Để ghi nhận những đóng góp của chúng tôi, chúng tôi đề nghị bạn vui lòng đưa đoạn văn bản sau vào phần ghi nhận trong bản thảo của bạn:

Nghiên cứu này đã nhận được tài trợ một phần từ Tài trợ hỗ trợ toàn diện của Trung tâm Ung thư UNM NCI P30CA118100 và sử dụng Tài nguyên chia sẻ bộ gen phân tích và dịch mã.

Dịch vụ, Công nghệ và Thiết bị chính

DNA-seq và RNA-seq thông lượng cao. ATG cung cấp dịch vụ giải trình tự toàn bộ hệ gen, giải trình tự RNA khối, giải trình tự ChIP, giải trình tự RIP, giải trình tự exome và giải trình tự RNA nhỏ bằng máy giải trình tự Singular Genomics G4. Nguyên liệu ban đầu có thể bao gồm tế bào, nước bọt, máu và mẫu bệnh phẩm đông lạnh tươi hoặc FFPE. 

Giải trình tự tế bào đơn 10x Genomics. Sử dụng bộ điều khiển 10x Genomics Chromium, cùng với Máy đếm tế bào tự động Countess II và Máy phân ly Octo Miltenyi gentleMACS để tạo huyền phù tế bào đơn lẻ, nhân viên ATG chuẩn bị mẫu và xây dựng thư viện NGS cho NGS của DNA và RNA.

10x Visium-HD và Xenium tại chỗ để phân tích toàn bộ phiên mã và biểu hiện gen mục tiêu. Hợp tác với Nguồn lực Chia sẻ Kho Lưu trữ & Phân tích Mô Người (HTR-TA), ATG cung cấp phân tích toàn bộ bản sao mã không gian của mô tươi đông lạnh và mô FFPE bằng công nghệ biểu hiện gen không gian Visium-HD và Xenium in situ của 10x Genomics. Biểu hiện gen không gian Visium HD mô tả toàn bộ bản sao mã của toàn bộ các lát cắt mô, cung cấp bối cảnh hình thái và độ phân giải tế bào cao. Xenium in situ cho phép lập bản đồ dưới tế bào thông lượng cao lên đến 5,000 gen cùng với các protein đa hợp trong cùng một phân đoạn mô, được thực hiện thông qua sự hợp tác với HTR-TA để chuẩn bị mẫu.

Phân tích dữ liệu NGS, scRNA-seq và tương tác với Tài nguyên chung về Thống kê sinh học và Tin sinh học & Khoa học dữ liệu (BDS). ATG phối hợp với Biostatistics và BDS Shared Resources để thiết lập các phân tích kiểm soát chất lượng và phát triển các quy trình phân tích dữ liệu cho dữ liệu G4-Singular, bao gồm phát hiện biến thể nucleotide đơn (SNV) từ mẫu DNA, phân tích biểu hiện gen, phân tích biến thể từ RNA, dữ liệu scRNA-seq, phát hiện bản sao hợp nhất từ ​​RNA-seq và phân tích biến thể số bản sao (CNV). Các tệp đã xử lý được lưu trữ trong tài khoản đám mây AWS an toàn của chúng tôi và được nhân viên ATG hoặc BDS sử dụng cho các phân tích tiếp theo, sử dụng các tập lệnh R tùy chỉnh. Giám đốc Kỹ thuật ATG, Brayer, đảm nhiệm vai trò kép là chuyên gia tin sinh học cấp cao và là đầu mối liên lạc với Biostatistics và BDS Shared Resources để hỗ trợ thiết kế nghiên cứu và phân tích dữ liệu.

Lưu trữ và tính toán dữ liệu. ATG duy trì một tài khoản AWS an toàn, tuân thủ HIPAA và được IRB phê duyệt, nơi các tập dữ liệu lớn có thể được lưu trữ và phân tích. Tất cả dữ liệu đều được ẩn danh, mã hóa trong quá trình truyền tải và được lưu trữ. Chỉ những người dùng được ủy quyền mới có quyền truy cập, yêu cầu xác thực hai yếu tố. Để bảo mật dữ liệu bộ gen, ATG tuân thủ các chính sách được nêu trong Thực hành Bảo mật Tốt nhất của NIH đối với Dữ liệu Truy cập Có Kiểm soát, theo Chính sách Chia sẻ Dữ liệu Bộ gen của NIH.

Các dịch vụ khác. ATG có máy Agilent BioAnalyzer, máy đo huỳnh quang Qubit, máy Miltenyi gentleMACs Octo Dissociator kèm bộ gia nhiệt (để tạo huyền phù tế bào đơn từ mô), máy đếm tế bào tự động Countess II và ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR, sẵn sàng cho các thành viên UNMCCC sử dụng. Robot tách chiết DNA/RNA Qiagen EZ2 cũng sẵn sàng cho việc tách chiết axit nucleic tự động khối lượng lớn.

ATG có thể sắp xếp các loại sau:

• Phát hiện đột biến hoặc biến thể gen. Điều này có thể liên quan đến việc đánh giá mức độ đột biến gen trong khối u, phân tích các biến thể di truyền cụ thể trong một bệnh ung thư hoặc bệnh cụ thể hoặc đánh giá cách tế bào phản ứng với tổn thương DNA sau chấn thương hoặc điều trị. Thông thường, điều này đạt được bằng cách sử dụng trình tự bảng gen mục tiêu để phân tích các gen liên quan đến ung thư hoặc một số bệnh nhất định.
• Nghiên cứu biểu hiện gen. Lập hồ sơ phiên mã của các tế bào, mô, chất hữu cơ hoặc mẫu bệnh nhân, ở dạng tế bào riêng lẻ hoặc với số lượng lớn hơn.
• Một loạt các xét nghiệm phân tích trạng thái nhiễm sắc, từ các nghiên cứu methyl hóa DNA đến xét nghiệm ATAC đến ChIP-seq, đều có sẵn.
• Nghiên cứu RNA không mã hóa chẳng hạn như ncRNA, lincRNA, miRNA và tRNA.

Vui lòng liên hệ với Kel Cook (kelcook@salud.unm.edu) hoặc Kathryn Brayer (kbrayer@salud.unm.edu) để đặt lịch tư vấn.

sử dụng ATG iLab để thanh toán.

Đối với các câu hỏi liên quan đến iLabs hoặc để thiết lập tài khoản/PR để sử dụng trong tài nguyên được chia sẻ, vui lòng gửi email Palakshi Reddy Bandapalli hoặc gọi 505 272-4539.

Máy giải trình tự Singular Genomics G4

• Trình sắp xếp kết thúc ghép nối linh hoạt và nhanh chóng
• Có khả năng tạo ra tới 1.6 tỷ lượt đọc 2 x 150 bp trong 24 giờ
• Có thể được cấu hình cho nhiều độ dài đọc khác nhau
• Tương thích với hầu hết các thư viện có thể được giải trình tự trên các thiết bị Illumina.

Để biết thêm thông tin: https://www.singulargenomics.com/

Bộ gen 10x Crom iX

• Phân chia tế bào hoặc nhân để giải trình tự tế bào đơn
• Thu giữ RNA, protein và/hoặc chất nhiễm sắc
• Xét nghiệm biểu hiện gen, tiết mục tế bào miễn dịch, khả năng tiếp cận chất nhiễm sắc, nhiễu loạn CRISPR
• Đầu vào thay đổi tùy theo xét nghiệm, nhưng bao gồm huyền phù tế bào sống, nhân, tế bào cố định, mô đông lạnh và khối FFPE. Xét nghiệm bất khả tri về loài có sẵn

Để biết thêm thông tin: https://www.10xgenomics.com/instruments/chromium-x-series

Máy phân tích Xenium genomics 10x

• Nền tảng hình ảnh phiên mã không gian
• Độ phân giải dưới tế bào
• Có khả năng thu giữ tới 5,000 gen
• Nhiều bảng gen được thiết kế sẵn có thể được tùy chỉnh thêm (https://www.10xgenomics.com/products/xenium-panels)

Để biết thêm thông tin: https://www.10xgenomics.com/platforms/xenium

Công cụ hỗ trợ gen 10x

• Tạo điều kiện thuận lợi cho các thử nghiệm phiên mã không gian Visium và Visium HD
• Bắt đầu từ các khối FFPE hoặc FFPE cắt sẵn và các phần đông lạnh mới
• Tương thích với các phần nhuộm màu H&E hoặc miễn dịch huỳnh quang

Để biết thêm thông tin: https://www.10xgenomics.com/instruments/visium-cytassist

• Máy phân tích sinh học Agilent: Phân tích chất lượng/số lượng DNA và RNA bằng cách sử dụng đầu vào tối thiểu. (https://www.agilent.com/en/product/automated-electrophoresis/bioanalyzer-systems/bioanalyzer-instrument)
• Máy đo huỳnh quang Qubit II: Định lượng DNA và RNA.
• ThermoFisher/Invitrogen Countess II: Đếm tế bào và định lượng tỷ lệ tế bào sống trong một mẫu.

• Miltenyi Biotec Bộ phân ly MACS Octo nhẹ nhàng với bộ gia nhiệt: Phân tách các mẫu mô trước khi giải trình tự tế bào đơn.
• Qiagen EZ2: Tách chiết DNA và RNA tự động.
• ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR. Hệ thống PCR thời gian thực với cả khối 96 và 384 giếng giúp linh hoạt và dễ dàng trong phân tích biểu hiện gen.

Các công cụ chọn lọc có sẵn để các thành viên có trình độ và được đào tạo của cộng đồng UNM sử dụng. Các công cụ dùng chung có sẵn trong giờ làm việc bình thường và vào những thời điểm khác theo sự sắp xếp đặc biệt. Vui lòng liên hệ với nhân viên Cơ sở ATG để biết thêm thông tin về các xét nghiệm và giá cả.