Tin sinh học & Khoa học dữ liệu
Tài nguyên chung về khoa học dữ liệu và tin sinh học (BDS) của UNMCCC hỗ trợ nghiên cứu ung thư cơ bản, chuyển dịch và lâm sàng bằng cách cung cấp bộ dịch vụ tính toán và phân tích toàn diện.
Các dịch vụ này bao gồm
- thiết kế và phát triển nghiên cứu,
- phân tích dữ liệu giải trình tự thế hệ tiếp theo (NGS),
- phiên mã tế bào đơn và không gian,
- tin hóa học,
- tin học ung thư và
- phương pháp khoa học dữ liệu và thống kê tiên tiến.
Các thành viên của BDS làm việc chặt chẽ với Genomics phân tích & tịnh tiến và Sinh trắc học Tài nguyên được chia sẻ để nâng cao khả năng thu thập kiến thức từ NGS và các dữ liệu về bộ gen và phiên mã khác.
Tài nguyên chia sẻ BDS
- cung cấp cơ sở hạ tầng quan trọng cho lưu trữ dữ liệu, điện toán hiệu năng cao và các giải pháp dựa trên đám mây—bao gồm tích hợp AWS thông qua chương trình NIH STRIDES—và
- quản lý CRIIS, một nền tảng tin học ung thư độc đáo tích hợp dữ liệu lâm sàng, bộ gen, sổ đăng ký khối u và dữ liệu nhân khẩu học xã hội được phát triển với sự hợp tác của một công ty phân tích dữ liệu địa phương với sự hỗ trợ từ UNMCCC và Tiểu bang New Mexico.
Tài nguyên được chia sẻ Tin sinh học
Kathryn (Charlie) Brayer, Tiến sĩ
Nhà thông tin sinh học, Phân tích dữ liệu
Olufunmilola (Funmi) Oyebamiji, MS
Nhà thông tin sinh học, Phân tích dữ liệu
Tiến sĩ Inigo San Gil
Chuyên gia dịch vụ CNTT
Xiangjun Xiao, MS
Nhà khoa học dữ liệu cấp cao
Để xác nhận việc sử dụng tài nguyên được chia sẻ này, vui lòng đưa nội dung sau vào các ấn phẩm của bạn:
Nghiên cứu này được hỗ trợ một phần bởi Quỹ hỗ trợ của Trung tâm Hỗ trợ Ung thư Toàn diện UNM NCI P30CA118100 và tài nguyên được chia sẻ Tin sinh học và Phân tích Dữ liệu Chiều cao.
Mục tiêu cụ thể của Tin sinh học & Khoa học dữ liệu
Mục tiêu 1: Cung cấp hỗ trợ về tin học, phân tích và quản lý kiến thức thông qua các dịch vụ, công nghệ, thiết bị và chuyên môn tiết kiệm chi phí để hỗ trợ ba Chương trình nghiên cứu của UNMCCC.
Ưu tiên của BDS là cung cấp cho các thành viên UNMCCC khả năng tiếp cận chuyên môn về phân tích dữ liệu phức tạp, đa chiều và hỗ trợ phần mềm, nhu cầu tính toán và kiến thức tích hợp cần thiết để hoàn thành các mục tiêu nghiên cứu của ba Chương trình Nghiên cứu UNMCCC. Với những tiến bộ trong lĩnh vực hệ gen, đặc biệt là hệ gen không gian, BDS dự đoán nhu cầu phân tích dữ liệu omics phức tạp sẽ ngày càng tăng.
Sử dụng mô hình hợp tác, phối hợp với ATG và Biostatistics Shared Resources, BDS cung cấp một phương tiện tiết kiệm chi phí cho các nhà nghiên cứu thiết kế nghiên cứu và sau đó phân tích dữ liệu phức tạp và chuyên biệt, giúp họ tiếp cận thông tin về các phương pháp và năng lực phân tích dữ liệu chuyên biệt. Ngoài ra, BDS sẽ quản lý việc tiếp cận và đào tạo các thành viên UNMCCC về cách sử dụng CRIIS, đồng thời tư vấn về phân tích và diễn giải dữ liệu.
Mục tiêu 2: Phát triển các công cụ và quy trình tin sinh học tùy chỉnh phù hợp với nhu cầu nghiên cứu của UNMCCC.
BDS sẽ tiếp tục phát triển các công cụ phù hợp chặt chẽ với nhu cầu của các thành viên Trung tâm Ung thư, đặc biệt là trong lĩnh vực sinh học không gian. Ngoài ra, BDS sẽ đóng vai trò quan trọng trong việc nâng cao tiện ích của CRIIS, bằng cách phát triển một nền tảng phân tích, lưu trữ và phân phối dữ liệu an toàn cho thông tin sức khỏe bệnh nhân có thể nhận dạng được và dữ liệu bộ gen do UNMCCC tạo ra.
Mục tiêu 3: Cung cấp giáo dục và nâng cao nhận thức về công nghệ và dịch vụ tin sinh học.
Các Giám đốc BDS đóng góp vào bản tin hàng quý, nêu bật và giải thích các dịch vụ và công nghệ BDS, đồng thời hỗ trợ người dùng chuẩn bị các đề xuất tài trợ cạnh tranh liên quan đến phân tích dữ liệu phức tạp hoặc đa chiều. Các Giám đốc tham dự Chương trình Nghiên cứu và các cuộc họp khác của UNMCCC để cung cấp chuyên môn, tư vấn và thông tin về các công nghệ và dịch vụ có sẵn trong BDS, cũng như cập nhật các phương pháp và phương pháp tin sinh học mới. Giám đốc Edwards tham gia sâu vào chương trình sau đại học về Tin sinh học do Khoa Kỹ thuật UNM cung cấp và cũng giảng dạy về tin sinh học trong một khóa học cốt lõi dành cho sinh viên sau đại học.
Giảng viên và nhân viên
Tiến sĩ Jeremy Edwards
Đồng giám đốc của Nguồn tài nguyên chung về Tin sinh học và Khoa học dữ liệu
Giáo sư Hóa học và Sinh học Hóa học
Giáo sư Kỹ thuật Hóa học và Sinh học
Giáo sư Di truyền phân tử và Vi sinh vật học
Giáo dục và Đào tạo
Đào tạo sau tiến sĩ về Di truyền học, Trường Y Harvard
Tiến sĩ Kỹ thuật sinh học, Đại học California San Diego
MS Bioengineering, Đại học California San Diego
BS Cơ khí, Đại học Texas Arlington
Sở thích nghiên cứu
Tin sinh học, công nghệ bộ gen, công nghệ giải trình tự thế hệ tiếp theo, sinh học hệ thống, điều chỉnh không gian của các con đường tín hiệu.
Tiến sĩ Christopher Amos
Trưởng phòng Sáng kiến Khoa học Dữ liệu HSC
Phó Giám đốc UNMCCC về Dân số và Khoa học Dữ liệu
Đồng giám đốc của Nguồn tài nguyên chung về Tin sinh học và Khoa học dữ liệu
Giáo sư, Khoa Nội khoa, Phân khoa Dịch tễ học, Thống kê sinh học và Y học dự phòng của UNM
Giáo dục và Đào tạo
Chứng chỉ hành nghề, Di truyền học Y khoa
Đào tạo sau tiến sĩ, Chương trình đào tạo Di truyền Y học Liên viện tại Viện Y tế Quốc gia
Tiến sĩ, Sinh trắc học và Di truyền học, Trung tâm Y tế Đại học Bang Louisiana
Thạc sĩ, Sinh trắc học và Di truyền học, Trung tâm Y tế Đại học Bang Louisiana
Cử nhân Khoa học, Cao đẳng Reed.
Sở thích nghiên cứu
Tiến sĩ Amos đã tập trung phần lớn sự nghiệp của mình vào việc phát triển và triển khai các phương pháp để hiểu được ảnh hưởng của di truyền và môi trường đối với nguyên nhân gây ra các bệnh ung thư thông thường.